指导思想。以邓小平理论、“三个代表”重要思想和科学发展观、“构建和谐社会”战略思想为指导，从我国长期处于社会主义初级阶段的基本国情出发，坚持为农业、农村、农民服务的方向，坚持社会主义市场经济的改革方向，按照“五个统筹”的要求，完善政府经济调节、市场监管、社会管理和公共服务的职能，坚持公有制为主体、多种所有制经济共同发展的基本经济制度，加强宏观调控，发挥市场在资源配置中的基础性作用，统筹协调好开发利用农村水电资源进程中的各种利益关系，持续、快速、协调、健康地发展农村水电，加强水电农村电气化县建设、小水电代燃料工程建设和农村水电增收解困工程建设，与农民利益、地方发展、环境保护、生态建设紧密结合，推进社会主义新农村建设，实现“生产发展，生活富裕，生态良好”。
（1）坚持科学、有序、可持续开发利用农村水电资源。正确处理好开发利用农村水电资源与保护农村水电资源的关系。坚持“开发中保护，保护中开发”的原则，节约保护农村水电资源，保持河流生态用水，维护河流健康生命。
（2）建设农村水电站，要设置属于国家所有的资源股。在保障企业合理回报的条件下，国家资源股收益用于增加贫困农民收入，用于资源维护保养与生态修复建设，实现“国家得生态，农民得实惠，企业得效益”。
（3）坚持电力体制改革方向，实行大小电网并举共存、和谐协调发展。坚持“分散开发、就地成网、就近消纳、联网调剂”与“依托现有电网，完善配电网络”相结合，保障安全、廉价、可靠供电。
（4）积极支持和帮助农村集体与农民采用股份合作制、股份制的形式开发经营小水电。积极支持发展国有资本、集体资本和非公有资本参股的混合所有制农村水电企业。
（5）依靠劳动、知识、资源、资本推进农村水电发展，推进相关产业发展，推进社会主义新农村建设。
在保障企业合理回报的条件下，按开发利用条件、造价、成本、发电利用小时、上网电价等因素，确定资源使用权价值和股权。资源股的设置必须经过审核批准。单站装机容量在多少千瓦及以下水电站的资源股，由县级水利部门审核、财政部门批准。单站装机容量在多少千瓦及以上至多少千千瓦水电站的资源股，由市级水利部门审核、财政部门批准。单站容量在多少千千瓦及以上至多少万千瓦水电站的资源股，由省级水利部门审核、财政部门批准。建设水电站在立项之前，应首先确定资源股。
在小水电代燃料生态建设任务区域，优先解决农村居民代燃料用电，以户为单位，提供定量廉价电能；在此基础上，再根据实际情况核算补助农民增加收入的国家资源股和国家投入股的股权收益。
在非小水电代燃料生态建设任务区域，农村水电国家资源股和国家投入股股权，以户为单位，一般定量参股或控股两三个千瓦发电装机，其中资源股股权定量参股或控股不低于一两个千瓦，按此核算股权收益。
农村水电国家资源股和国家投入股股权收益全部进入省级财政，专户存储，专款专用。由省级水利部门汇总提出股权收益分配方案，由省级财政部门负责审核并据实发放。
农村水电国家资源股和国家投入股及其资产和收益的享有、使用、分配和处置，同时纳入各级纪检、监察和审计部门的重点工作范围。
农水电国家资源股和国家投入股股权如前所述，属国家所有，受益权主要归农民，同时权责包涵资源维护保养与生态修复建设。因此，总体应建立和完善农民受益与环境保护、生态建设相结合的体制与机制。
通过市场选择农村水电站经营者，经营者独立行使经营权。根据各地不同情况，在当地政府的主导下，建立以农民为主体，以农村水电站、供电企业和政府相关职能部门为成员的受益县、乡或村农村水电民主管理协会，行使所获得的农村水电国家资源股和国家投入股股权收益的分配职责，实行帐务和受益公开制度。认真维护农民民主权利，充分享有和行使知情权、议事权和监督权，。
（1）在设立国家资源股、国家投入股，建立国家股股权收益补助农民的机制的同时，积极支持和帮助农村集体与农民投资投劳投料开发利用农村水电资源。允许农民以被占用的土地、山林补偿入股开发农村水电。实行农民以个人未来电站受益为抵押，以电站法人为对象进行贷款，用承贷资金作为资本金投入开发农村水电。对农村集体与农民开发利用农村水电资源实行贴息政策。
（2）电网企业全额收购并网的“只发不供”农村水电企业的上网电量和“又发又供”农村水电企业自发自供后的上网电量，上网电量同网同价。
（3）农村水电企业与电网企业互供电量，在产权分界处按月互抵，互抵后的电量按各自电价结算。
（4）支持农村水电企业借网过路，电网企业按实际成本收取过网费。
（5）坚持“以税惠农”，农村集体、农民举办的农村水电企业增值税、所得税执行零税率。
（6）建立和施行农村水电“水害保险”制度。
（7）确立水能独立能源法律地位，克服体制障碍。各地各级水利部门，依法健全机构，创新机制，履行水能资源统一管理职责。加强对农村水电的依法行政和有效监管工作，推进农村水电平安建设，保护生态环境，保障公共安全，保护群众利益，保障安全生产。为实现农村水电与农民利益、地方发展、环境保护、生态建设紧密结合提供行业保障。
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